A alíquota cadastrada refere-se a MVA original do produto. Através da alíquota original, juntamente com a alíquota de ICMS cadastrada no cadastro de alíquotas do sistema, o sistema calcula a MVA ajustada, que é a utilizada no sistema.

Neste link há a explicação do motivo da alteração. Nele poderá ver que se refere ao Estado do Paraná mas essa se aplica a todos os estados.

http://www.fazenda.pr.gov.br/modules/conteudo/conteudo.php?conteudo=456

Lembrando que os cadastros das alíquotas de todos os estados deverão ser feitas da forma que mostra este tutorial: https://comexnfe.zendesk.com/hc/pt-br/articles/201886253-Como-emitir-NF-e-com-Substitui%C3%A7%C3%A3o-Tribut%C3%A1ria-

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