Ao transmitir uma NF-e você pode receber a seguinte mensagem:
Rejeição (539) : Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso
Essa rejeição significa que já existe uma NF-e emitida pela seu CNPJ com mesma série e número. Mesmo que seja a sua primeira NF-e emitida no sistema Mainô, por exemplo, pode haver essa rejeição, pois a Sefaz considera todas as NF-es vinculadas ao seu CNPJ mesmo que emitidas em outros sistemas.
Veja regra de validação da Sefaz:
Sendo assim, é necessário saber o número da última NF-e emitida pelo seu CNPJ, caso você não tenha essa informação solicite ajuda a sua contabilidade.
Com a última numeração utilizada identificada, é preciso alterar no sistema o número atual para a numeração seguinte à sua última.
Exemplo: Sua última numeração utilizada nas notas de série 1 foi 27. Nesse caso você vai alterar a numeração da nota que está emitindo agora para 28. Dessa forma:
No menu NF-es emitidas clique em seta ao lado de Finalizar > Alterar
Altere o número da NF-e para a numeração seguinte a última emitida pelo seu CNPJ e clique em salvar
Prontinho! Agora finalize a sua NF-e e realize a transmissão novamente ;D