O cálculo do Convênio ICMS 52/17 é feito da seguinte forma:

Com a publicação do Convênio 142/18, e a revogação do Convênio 52/17, novas regras para a aplicação da substituição tributária foram estabelecidas.
De modo geral, o convênio 142/18 traz algumas regras que interferem na aplicação da ST, assim como a mudança no cálculo do diferencial de alíquotas.

"Cláusula décima segunda: Tratando-se de operação interestadual com bens e mercadorias submetidos ao regime de substituição tributária, destinados a uso, consumo ou ativo imobilizado do adquirente, a base de cálculo do imposto devido será o valor da operação interestadual adicionado do imposto correspondente à diferença entre a alíquota interna a consumidor final estabelecida na unidade federada de destino para o bem ou a mercadoria e a alíquota interestadual."
Para saber mais acesse o Portal da Confaz. 

O novo cálculo para cálculo de DIFAL ST é o seguinte exemplo:

 Valor da operação = R$100,00
​IPI = 20,00
​Alíquota interna = 18%
​Alíquota interestadual = 4%
​Base de cálculo DIFAL ST = (Valor da operação com IPI) / (1 - Diferença de alíquota)

Onde (R$100,00 + R$20,00) / [1-(18%-4%)] = 120,00 / 0,86 = R$ 139,53
​Valor de DIFAL ST = 139,53 * 14% = R$ 19,53

Para alterar a forma do cálculo do DIFAL ST é só ir em Usuário>Configurações, na aba de Pedido de Venda:                         

Obs: Consulte a sua contabilidade antes de fazer a alteração do cálculo no sistema, eles podem te orientar melhor nesse caso.