Para destacar o valor do frete ou o valor de outras despesas em uma nota fiscal, você deverá ir na sua nota fiscal e clicar em seta ao lado de Finalizar e selecionar a opção produtos Produtos.

OBS.: Se sua nota estiver Finalizada, lembre-se de reabri-la. Para isso é só clicar na seta ao lado de Transmitir e selecionar a opção Reabrir.

Em seguida, o sistema exibirá todos os produtos daquela NF-e. Clique na seta ao lado de Finalizar e selecione Alterar.

Procure os campos Despesas Acessórias e Frete e informe o valor desejado. Em seguida, clique em Salvar e depois em Voltar.

Se for o caso, repita esse mesmo procedimento para todos os produtos da Nota Fiscal.

Após finalizar os ajustes, na tela de seleção dos produtos basta clicar em Voltar.

Você será redirecionado para a página de Notas Fiscais. Para conferir a NF-e, clique em Finalizar e depois clique na seta ao lado de Transmitir e selecione a opção Prévia DANFE.

Com tudo certinho, pode transmiti-la. =)

Em caso de dúvida, fale com seu contador.