Ao transmitir uma NF-e você pode receber a seguinte mensagem:

Rejeição (539) : Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso

Essa rejeição significa que já existe uma NF-e emitida pela seu CNPJ com mesma série e número. Mesmo sendo a primeira NF-e emitida no sistema Mainô, por exemplo, pode haver a rejeição pois a Sefaz considera todas as NF-es vinculadas ao CNPJ mesmo que emitidas em outros sistemas.

Sendo assim, é necessário saber o número sequencial da última NF-e emitida pelo seu CNPJ, caso você não tenha essa informação solicite ajuda a sua contabilidade.

Com a última numeração utilizada identificada, é preciso alterar para a numeração seguinte, dessa forma:

No menu NF-es emitidas clique em seta ao lado de Finalizar > Alterar

Altere o número da NF-e para a numeração seguinte a última emitida pelo seu CNPJ e clique em salvar

Prontinho! Agora finalize a sua NF-e e realize a transmissão novamente ;D

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